לאחר ערבית הערב, מוצאי יום הכיפורים, מרן ראש הישיבה הגר"ש אוירבך הבדיל מיד בבית המדרש, כשמיד בסיום ההבדלה הוא אכל מעט מזונות ושקע בתלמודו למספר שעות, לאחר מכן תתקיים בביתו סעודה כנהוג בה סועד עם מקורביו, שם מציין ראש הישיבה בכל שנה את יום הולדתו שחל בליל יום הכיפורים.

מרן הגר"ש אוירבך קיים את מנהג ה"כפרות' על תרנגול בביתו סמוך לעלות השחר של ערב יוה"כ כשמיד לאחר קיום המנהג נשחט התרנגול בביתו. תלמידיו מספרים כי שחיטת התרנגול הוא מעמד מרטיט כשהגרש"א בכה בדמעות שליש וציין כי זהו חליפתו ותמורתו ממש כפי שמצוין בספרים הקדושים.

במשך כל יום ערב יוה"כ למד הגרש"א עד סמוך לכניסת החג, אז הולך להיטהר במקווה ומיד לאחמ"כ מתחיל באמירת התפילה זכה ומקבל עליו את קדושת היום הקדוש.

הגרש"א נוהג לעמוד במשך כל התפילות כשביום הכיפורים עצמו אין הפסקה והתפילה התקיימה ברצף עד למעריב של יציאת החג.

בליל יוה"כ נוהג הגרש"א לזמר את שיר הייחוד ואת שיר הכבוד בהתרגשות גדולה כעבד לפני קונו.

הרגעים הגדולים ביום הכיפורים בבית מדרשו היו בקטעי התפילה של מוסף בעבודת היום של הכהן הגדול בבית המקדש ובעשרה הרוגי מלכות, שם הגרש"א אמר את קטעי התפילה במתינות ובבכי גדול ורגש רב.